叛乱与平叛的战幕拉开，毛泽东命令只准胜不准败。谭冠三背水一战，两天两夜荡平拉萨叛匪
根据党中央的命令，彭德怀立即同在京的张经武、张国华两将军商议自卫政策，两张完全拥护党中央、毛主席自卫的决定，并给西藏的谭冠三将军发电，命令驻藏部队加倍警惕，准备随时痛击来犯的叛军。
3月1日，西藏军区邀请达赖喇嘛到军区礼堂看节目，达赖以藏历元月是传召大会为由没有来。在此之前，达赖听说西藏军区文工团去内地学习回来演出的节目很好看，是他自己主动提出要到军区礼堂看节目的。
达赖喇嘛去军区礼堂看戏的消息很快在拉萨传扬开来了，西藏地方政府上层反动分子鲁康娃、洛桑扎西等人一方面指使一些人借此造谣惑众，散布“汉人要劫走达赖喇嘛”的谣言，一方面又反过来哄骗达赖，说解放军请看节目是假，乘机扣留他是真。并以保护达赖喇嘛的安全为由，派藏军封锁了达赖的驻地厦宫，实际上是将达赖软禁起来。
达赖只好写了一个便条，说明他已被反动分子挟持，无行动自由。谭冠三见信，急派军区副司令员桑颇·才旺仁增少将去布达拉宫看望，噶伦们立即唆使藏军把桑颇打成重伤。更令人发指的是，自治区筹委会干部索郎降措惨遭叛匪杀害后，尸体竟被拖在狂奔的马后示众。一时间，拉萨街头秩序大乱，藏军武装游行，一些叛乱分子向解放军战士挑衅，不明真相的僧俗人众纷纷走上街头，要求保护达赖。
3月10日，西藏上层反动集团见叛乱时机成熟，遂将叛乱公开化，打出“西藏独立”的旗帜，向西藏工委、军区驻地和自治区筹委会发起进攻，开始了大规模的全局性武装扰乱。
是夜，藏军和原已叛乱的“卫教军”7000多人一齐出动，占领了拉萨市周围各制高点，叛军不断地向我西藏军区、西藏工委驻地开枪射击，拉萨市内火光冲天，叛匪抢劫商店，焚烧寺庙，拉萨城内一片血雨腥风。
在明知叛乱形势已成的情况下，为了做到有理有利有节，西藏工委和西藏军区仍以西藏的大局为重，连续派人和噶厦、藏军接触，劝告他们遵守十七条协议，说服藏军不要叛乱。但西藏地方政府上层分裂分子置若罔闻，一意孤行，指挥藏军步步进逼，疯狂地向西藏军区、西藏工委等机关驻地冲击。无奈，西藏工委和西藏军区一方面调动部队加强防卫，一方面紧急报告中央。
3月11日，正在武昌视察的毛泽东接到报告后致电党中央，对西藏上层反动集团发动武装叛乱给了精辟分析。毛泽东指出：“照此形势发展下去，西藏问题有被迫早日解决的可能。”还指出：“这种‘被迫’是好的。看来，达赖是和其他人同谋的，达赖是反动派的首领。达赖反革命集团的策略是：(一)以罗布林卡为据点，在拉萨搞暴乱，将人民解放军驱走。这种策略是会被他们首先想到的。他们从我们长期‘示弱’，只守不攻这一点，看出‘汉人胆怯’，‘中央无能’。他们想，汉人被轰走是‘可能的’。(二)这一批人实际上已与中央决裂，很大可能将不得不继续干下去。一种可能是继续在拉萨示威骚扰，以期把汉人吓走，在若干天或若干个月之后，他们看见汉人吓不走，就会向印度逃走，或者，向山南建立根据地，两者的可能性都有。”毛泽东还分析了印度尼赫鲁政府对西藏问题的插手，认为“达赖搞驱汉自立，是与印度通了气的。”
毛泽东指示西藏工委：“目前策略，应是军事上采守势，政治上采攻势。目的是：分化上层，争取尽可能多的人站在我们一边，包括一部分活佛、喇嘛在内，使他们两派决裂；教育下层，准备群众条件；引诱敌人进攻，准备在拉萨大打一仗。”
同一天，中共中央电复西藏工委并四川、甘肃、青海、云南4省省委和军区，就西藏上层公开暴露叛国面貌之后应采取的措施作出指示：中央认为，“西藏上层公开暴露叛国反动面貌，是很好的事。我们的方针应该是让他们更加嚣张，更加暴露，我们平乱的理由就更为充分。”
对如何应对叛乱分子的叛乱活动，中央提出了五条措施。一是在人民群众中传布，着重揭露他们劫持达赖进行叛国的阴谋。二明确告诉一切靠近我们的人，西藏永远是中国的领土，如果反动派叛国，中央将采取坚决的行动予以平定。三是对达赖本人仍多方做争取工作。四是对拉萨四周的反动武装进入市区不要阻挡，如果阻挡则在形式上是我们先打，这样在政治上不利。五是注意收集对方的叛国证据。
12日，西藏工委和西藏军区接到中央的电报和中央转发的毛泽东的电报后，立即作出了军事部署，命令各部队迅速做好战斗准备，坚决平息叛乱。部队接到命令后，一面抵抗冲击的叛匪，一面做出击的准备。
与此同时，中央军委也紧急拟定入藏部队行动方案，并于13日和20日先后向兰州、西藏、成都、北京军区下达了行动命令，明确了关系。其内容是：以陆军54军军长丁盛组织指挥所(简称丁指)，率该军步兵第一三四师、兰州独立野战第十一师从青藏线入藏，进入拉萨地区，丁指归西藏军区指挥；命在北京开会的西藏军区司令员张国华立即乘飞机赶到格尔木，指挥丁指的一三四师、十一师沿藏北张开网口合围拉萨；命成都军区副司令员黄新廷组织指挥所(简称黄指)，率一三○师及步兵一六二团沿川藏公路向昌都开进，并指挥昌都警备区部队，担负昌都地区平叛，对拉萨形成合围，黄指归成都军区指挥；命昆明军区步兵第四十二师指挥所率步兵一二六团，从藏东南进至盐进地区，归黄指指挥，截断叛乱武装东南出境之路，对拉萨形成大合围之势；命空军及总后勤部有关部门作好空中支援和物资保障工作。
中央军委下达的行动方案除兵力调动的内容外，又再次要求西藏军区，对现有的各据点，必须坚决长期坚守，让叛军向我攻击，攻击的次数愈多愈好，以便能大量杀伤敌人。在初期切不要主动出击，只有敌人冲入我阵地前面时，才用反冲击击退之。
3月17日，拉萨叛乱武装连续向我青拉站的油库、碉堡、汽车等地和目标进行冲击。西藏军区一面指挥坚守各据点的部队进行自卫，一面向中央军委报告当前的情况。
3月18日，中央军委复电西藏军区，指出，敌之行动，对我彻底解决西藏问题甚为有利。为了麻痹敌人，造成大打一仗的有利形势，你们最近期间对叛乱武装的零星射击和小的挑衅进攻，要故意示弱，暂不还击；纵其嚣张，诱附近的叛乱分子向拉萨多集中一些。这样我增援部队到达时即可对其聚而歼之。
我西藏军区各部队遵照党中央、中央军委和毛泽东的指示，对小股叛军的挑衅行动采取忍让的态度，暂不还击。对此，西藏地方政府上层反动分子错误地认为解放军软弱可欺，更加疯狂地向解放军进攻。
1959年3月20日凌晨3时40分，拉萨河南渡口的叛匪向西藏军区159团发起进攻。与此同时，在拉萨市区围困西藏工委、各机关、单位和部队的叛匪，也向各被包围点发起攻击。
面对叛乱分子的大规模进攻，西藏军区政委谭冠三一面指挥部队抗击，一面将此情况上报中央及中央军委，并汇报达赖可能逃离拉萨。
还在湖北视察的毛泽东指示军委，要求西藏军区把叛乱武装死死吸在拉萨，等待增援部队进藏时对其进行合围，将噶厦叛乱集团干净、全部、彻底歼灭于拉萨。毛泽东的这一战略部署是很有远见的。因为只有一开始不给叛乱武装以很大的杀伤，才能将叛乱武装紧紧地吸在拉萨，为尔后人民解放军聚而歼之创造条件。如果一开始就给敌以很大杀伤，叛乱武装一看形势不好，很可能四处逃窜，而西藏地域辽阔，要剿灭分散逃窜的叛乱武装是很困难的。为此，在3月12日给中央的电报中，毛泽东就指示西藏工委，对叛军进行军事打击的战略是：“引诱敌人进攻。如果敌人进攻时，在初期，不要多杀伤，更不要出击，最好使他们先得一些小胜利，使他们感到驱汉有望，才有大打一仗的可能。否则只会小打一阵，仓皇逃走。”这次，毛泽东再次指示西藏军区紧紧吸住敌人，待增援部队到达时将敌全部歼灭。
对于达赖可能要逃跑的问题，毛泽东指示西藏工委，噶厦集团公开叛乱，达赖逃跑，叛乱武装攻击人民解放军，西藏政治形势完全明朗，这是极好的事。对达赖逃跑，“人民解放军一概不要拦阻，无论去山南，去印度，让他们去。”但是达赖这块招牌还有可能利用之处。对于达赖逃跑，暂不向外宣传，暂时不把达赖放在叛国头子之内，只宣传叛国分子挟持达赖，这对于打击敌人利用达赖名义号召群众叛乱可能有好处。毛泽东还指出，为了打击敌人利用达赖名义号召群众叛乱，西藏工委应将达赖写给谭冠三的三封信和我们的第一封复信在人民中广为散发，以使群众了解达赖是被噶厦集团强行架走的。
早在西藏地方政府叛国集团密谋发动叛乱之际，毛泽东对达赖可能出走或被叛乱分子劫持出走已有预测。为此，当达赖被噶厦集团软禁后于3月11日给谭冠三写信说明自己的处境时，毛泽东曾致电中央：“以谭冠三的名义答复达赖一封信很好，如有复信，应再复一封，以后礼尚往来，可再给信。这些信准备将来发表，无非是等待叛国分子、分裂分子悔悟回头。希望达赖本着历次诺言，与中央一心平息叛乱。”
西藏工委遵照毛泽东的指示，将达赖与谭冠三往复的6封信印发后在人民群众中广为散发。许多藏族群众看到信后了解了达赖被劫持的事实真相极为气愤，强烈要求对叛乱分子予以打击。
就在人民解放军大部队从青藏、川藏公路两个方向紧急入藏，西藏军区部队准备对叛军进行反击之际，达赖及其随同人员在警卫藏军的护拥下，离开拉萨，去往山南，以后又从那里又去了印度，组织“流亡政府”，进行分裂祖国和人民的勾当。
3月20日凌晨5时，面对叛军的疯狂进攻，谭冠三在未接到中央答复前再次主持召开了紧急会议，首先分析了当前拉萨敌我形势，研究到底是反击还是不反击。最后决定进行反击作战。部署是：将驻拉萨的2个步兵团、1个装甲连、1个炮兵团按统一计划，首先保卫拉萨大桥，西藏自治区筹备委员会，西藏军区机关，西郊第49医院。然后集中兵力于10时发起反击，占领药王山后，炮击罗布林卡。并立即将反击方案和炮击罗布林卡的计划上报中央及中央军委。
20日10时05分，三○八炮团对市区叛军占领的药王山制高点开始炮击，尔后一五九团4个步兵连发起冲击，于11时56分歼灭叛敌，攻占了药王山。
就在谭冠三正要下令攻击罗布林卡的时候，收到彭德怀不同意反击的电报。彭德怀要谭冠三依托堡垒、战壕、掩体就地死守，同时尽量缩小防区，等待内地部队解围。半小时后，谭冠三又收到中央及中央军委的复电，得知毛泽东的意图是不让他反击，而是要他牢牢地吸住叛乱武装，不让叛匪离开拉萨，要人民解放军做出急待增援、难以支持的样子。不但要吸住拉萨之敌，而且要促使叛乱集团下定吃掉拉萨解放军的决心，将全区叛匪统统吸往拉萨，配合外围部队对其合围，一网将西藏、云南、青海、四川、西康几省窜到西藏的叛匪全部歼灭，减少今后在各地进行零星清剿的困难。
接到彭德怀和中央及中央军委的电报，谭冠三知道自己闯了大祸，打乱了毛泽东的战略计划。现在已经打响了，怎么办呢？谭冠三明白，目前的形势是只要一停止攻击，叛乱武装查明意图后就会逃窜，到那时更难收场。惟一能弥补的办法就是尽量全歼拉萨叛乱之敌，不使其漏网或尽量减少其外窜。于是，他一面命令部队准备继续攻击，一而立即将此情况上报中央及军委。
毛泽东看到谭冠三上报的情况，生气地说，这个谭冠三，越来越糊涂了。但战幕已经拉开，停止是不利的，一定要取胜，便回电同意打，但指示谭冠三只准胜，不准败。
接到毛泽东的电报，谭冠三看出这是主席给自己的一次机会。他自己也下定了只准胜不准败的决心，并把只准胜的关键放在对罗布林卡一战上，只要罗布林卡一拿下，他就可稳操胜券。于是，他下达了攻击罗布林卡的命令。
3月20日14时，攻打罗布林卡的战斗开始。
首先以三○八团和一五五团两个团的火炮，对罗布林卡实施火力急袭，尔后采用徐进弹幕的打法，以15米为一个射点逐次成一条线向前推进。叛匪在解放军猛烈炮火的打击下，四散逃窜，有200余匪徒骑马窜到拉萨河边向河南逃跑，另有1000余人冲出罗布林卡向北逃跑。我炮兵立即对逃跑之敌实施火力拦阻射击，将这两股叛匪拦回罗布林卡。
火力准备后，一五五团和一五九团在汽车十六团和机械营的配合下，从东西两面向罗布林卡实施对进攻击，双方展开激战，至20时30分，盘踞罗布林卡的叛匪悉数被歼。
为了配合进攻药王山、罗布林卡的战斗，西藏军区还发出布告，利用装甲车将布告贴在拉萨大街上，要求全西藏人民积极协助人民解放军平息叛乱。同时利用广播对叛匪喊话，进行政治瓦解，宜布凡是脱离叛乱武装归顺投降的，一律不咎既往，有立功表现的要给予奖励，对俘虏一律优待，不杀、不辱、不打，对执迷不悟、坚决顽抗者，严惩不贷。
药王山和罗布林卡的夺取，拉萨的局势基本得到了控制。为发展胜利，扩大战果，谭冠三令一五五团、一五九团和军区警卫营主力连夜进至人民医院、外事处、拉萨大桥一线，对拉萨市区构成合围，防止叛匪外逃，坚决将敌消灭在拉萨市内。
军区警卫营接到命令后，于21日拂晓秘密接近叛军四代本驻地，尔后炸开院墙，勇猛发起冲击。院内四代本的士兵仓促应战，激战一小时后将其全歼。接着，警卫营又从南向北进攻，与叛匪进行逐房争夺，从叛匪手中夺下一条条的街道及小巷，形成了对市中心的合围，尔后向拉鲁庄园推进。
第一五九团接到命令后，先对位于功德林的叛军指挥所发起攻击，经40分钟激战，占领了功德林，捣毁了叛军的指挥所。接着，又对然巴大院的叛匪发起攻击。这里的叛匪在院墙上修筑了工事，几挺机枪架在墙头上猛烈扫射，一五九团的几次冲击都被压回来。该团七连一班在火力掩护下实施爆破，炸开院墙，部队乘机从缺口冲进院内，经激战，占领全院。尔后向市中心区合围，对盘踞在康人区(康巴人居住区)的西康叛匪发起攻击。西康叛匪很顽固，一五九团的两次攻击未果，便以装甲车对敌进行火力射击。叛匪见装甲车也来参战，顿时被震慑住了。一五九团乘势占领了康人区，继而攻击前进，连续消灭了围困百货公司、邮电局、社会部的叛匪，占领八角街的东北面，并对坚守大召寺的叛匪形成攻击之势。为了保护大召寺，第一五九团没有展开攻击，而是对敌展开政治攻势，终于迫使守敌于22日拂晓投降。
一五五团接到命令后，从西往北向市中心合围，攻击到小召寺时，叛匪依托断壁残垣顽抗，和一五五团展开逐室逐房的争夺战。一五五团在三○八团炮火的支援下，20日21时占领了小召寺，尔后向市中心合围。
军区教导营接到命令后，从北向市中心进击，配合军区主力对市中心形成合围。
就在解放军攻打市中心时，盘踞布达拉宫里的叛匪不停地以炮火支援市区。为保护布达拉宫，谭冠三集中军区所有无座力炮进行直接瞄准射击，哪个窗口有敌火力就打哪个窗口，一炮一个，百发百中，屋内的敌人尽被炸死炸伤，建筑物却没有受任何损伤。布达拉宫的叛匪见大势已去，于22日9时举旗投降。紧接着，拉萨市区所有叛匪盘踞的据点，也都打出白旗投降。
拉萨市内平叛战斗从3月20日至22日，历时23个小时，歼灭叛匪司令洛珠格桑、雪若巴·格桑阿旺、仁希夏格巴等以下官兵5360名，取得了决定性的胜利。
此后，西藏军区又对从拉萨流窜到彭波地区和甘丹寺的叛匪进行清剿，对参加叛乱的哲蚌、色拉、噶丹三大寺进行政治攻势，致使叛匪投降。至4月6日，拉萨战役胜利结束，歼灭了拉萨地区叛匪。同时解除了各地藏军的武装，控制了主要城镇，获得了初战的胜利，为争取全胜奠定了良好的基础。
在此期间，经青海和四川两个方向入藏平叛的部队也分别进入指定位置，准备参加后续的平叛作战。
3月28日，周恩来总理发布国务院命令，宣布解散西藏地方政府，决定由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，在达赖喇嘛被劫持期间，由班禅额尔德尼代理主任委员职务，任命自治区筹备委员会常务委员帕巴拉·格列朗杰为副主任委员，常务委员兼秘书长阿沛·阿旺晋美为副主任委员兼秘书长。撤销索康·旺育格来等18人的自治区筹备委员会委员及一切职务，并按国家法律分别给予惩处。
班禅当时还在日喀则扎什伦布寺，接到国务院的命令后，立即致电毛主席、周总理，表示完全拥护国务院命令。他在出席日喀则各界人士的集会时对大家说：“西藏地方政府的叛乱分子和上层反动集团真是罪恶累累，恶贯满盈。现在，西藏上层反动集团的叛乱武装已经遭到人民解放军的有力惩罚，这是他们自寻绝路得到的结果。他们是罪有应得的。现在达赖喇嘛被叛乱分子劫持，我已经多次祈祷佛祖保佑达赖佛平安无事，早日回到拉萨。在他被劫持期间，我完全接受国务院命令我担任西藏自治区筹委会代理主任委员的决定，我将竭诚努力，和大家一起，积极协助人民解放军平息叛乱。”之后，班禅即从日喀则动身来到拉萨主持自治区筹备委员会。
3月29日，《人民日报》刊登了新华社《关于西藏叛乱事件的公报》。这篇文稿经毛泽东审定、修改，重要部分多数由他亲笔写就。
《公报》简略回顾了西藏和平解放后所走过的历程，指出了西藏叛乱集团的不得人心和愚蠢反动，向全国、全世界宣布人民解放军已在西藏的多数地区实行军管。
《公报》说：中央人民政府根据宪法规定，历来坚持国内各民族人民之间的团结和西藏人民本身的团结，在西藏实行民族地方自治，这是西藏人民所热烈欢迎的。西藏自治区筹备委员会早已于1956年4月成立。但是，由于西藏地方政府中反动分子的阻挠，自治区的筹备工作很少进展。17条协议中规定藏军要改编，西藏社会制度即农奴制度要按照人民愿望加以改革。这两项重要任务，都因为反动分子的阻挠而不能实现。中央为了等待这些反动分子的觉悟，还在1956年底就告诉他们，在6年内，即第二个五年计划期内，可以不进行改革，也不改编藏军。中央本着民族团结精神，一再责成西藏地方政府负责惩办叛乱分子，维护社会治安。但是，西藏地方政府和上层反动集团，把中央这种仁至义尽的态度看做软弱可欺。他们说：汉人是可以吓跑的；9年以来，汉人动也不敢动一下我们的最美妙最神圣的农奴制度；我们打他们，他们只有招架之功，并无还手之力；他们不敢平叛，只是要我们负责平叛；只要我们从外地调来一大批叛乱武装到拉萨，给一打，汉人准跑；如果不跑，我们就把达赖佛爷架往南山，聚集力量，举行反攻，夺回拉萨；最后不行，就跑印度；印度是同情我们的，可能援助我们；还有强大的美国，也可能援助；台湾蒋总统，已经积极援助；达赖是神，谁敢不从？美国人说过，中国人民公社闹得天怒人怨，都要造反了，现在是驱汉自立的大好时机；云云。这些反动派的灵魂，已经飞到九霄云外，简直要管理整个宇宙了。因此，他们非但不负责制止叛匪的骚扰，反而变本加厉，积极进行叛国的阴谋活动。
《公报》说：为了彻底肃清叛匪，国务院已命令人民解放军驻藏部队在西藏各地实行军事管制。军事管制委员会的任务是：镇压叛乱，保护人民；保护遵守中国法令的外国侨民；受西藏自治区筹备委员会和人民解放军西藏军区的委托，组织西藏自治区的各级行政机构和组织西藏爱国人民的自卫武装，以代替腐败透顶、已经叛变、毫无战斗力、而且为数只有3000多人的旧藏军。拉萨市的军事管制委员会已在3月23日宣布成立。其他各地的军管会，除班禅额尔德尼领导的后藏地区的首府日喀则没有必要建立以外，都将陆续建立。拉萨和各地军事管制委员会都由人民解放军的代表和当地爱国人民的代表共同组成。现在拉萨以西的阿里，拉萨西南的江孜、帕里、亚东，拉萨以北的当雄、黑河，拉萨以南的泽当，拉萨以东的太昭、林芝、扎木、丁青、昌都、察隅等重镇和要区，都在人民解放军的坚强控制之下，当地人民的绝大多数是与人民解放军密切合作的。叛匪活动的地方，只是一些很偏僻的地区。
4月15日和4月19日，第十六次最高国务会议和二届人大一次会议先后在北京举行。西藏平叛和西藏民主改革成为这两个会议的重要议题之一。班禅大师当选为全国人民代表大会常务委员会副委员长。毛泽东在第十六次最高国务会议上，与参加会议的班禅大师就西藏问题进行了长时间的谈话。周恩来总理在二届人大一次会议的政府工作报告中向代表报告了西藏平叛和西藏民主改革的情况。二届人大一次会议闭幕时，就西藏问题专门作出了决议。此外，中共中央也于5月31日，对西藏平叛工作中的若干问题作出决定。
根据人大二届一次会议的决定和国务院、中央军委的部署，西藏工委和西藏军区各部队开始发动群众进行边打边改，西藏的肃清残匪行的斗争和进行民主改革进入了一个新的阶段。
