崇祯帝殉国之前，在世的儿子有太子朱慈烺、定王朱慈炯、永王朱慈炤三人，女儿有昭仁公主、长平公主两人。崇祯十七年（1644），李自成军攻陷北京，崇祯帝在自缢前也对这五个儿女做了特殊安排：三个儿子化妆农家子弟逃出皇宫，这是要为大明老朱家留个种平寇令；为了避免两个女儿遭到农民军的凌辱，崇祯帝亲手砍杀了6岁的昭仁公主，长平公主则用手臂挡住崇祯帝的剑，当场断臂婚死，后在“送葬途中”苏醒过来，算是保住一命！这个传奇经历也被后世多次用于影视创作，如《鹿鼎记》里韦小宝的师傅“独臂神尼”。
三个皇子的结局道士太子上面说到崇祯帝上吊前是想遣散诸皇子，可当时农民军将北京城围的水泄不通，乔装出城并非易事平寇令。太子朱慈烺就没能逃出皇宫，好在被李自成俘虏后，并未加害于他，而且历史资料中记载了李自成与朱慈烺的一段对话。大体意思就是李自成很嘲讽的问朱慈烺，你老朱家为何失了天下，朱慈烺很清楚农民军一路杀戮大明藩王的手段，估计也是抱了必死之心，不下跪不作答，将亡国之责算在百官头上。
李自成见屈服不了朱慈烺，反而觉得此人颇有骨气，于是说“汝无罪”，决定留他一命平寇令。后李自成与吴三桂作战失败，朱慈烺被吴三桂寻到救出，但在随后的战乱中失踪，再无记载，所以历史上著名的“南北太子案”由此产生。此案主要就是对朱慈烺的去处产生了争议，一是说吴三桂想拥朱慈烺为明帝，被多尔衮拒绝，因此朱慈烺不再是政治筹码，所以吴三桂西征途中将朱慈烺杀害。
（吴三桂剧照）
但在南太子“现身”后，史可法在一件给弘光帝的奏疏中说提到了“传言太子为贼所害”，这个贼指的是李自成。陈洪范则说过“臣遍访北来诸人，佥谓流贼闻清兵将至，先杀皇太子，挟二王马上偕行迎战。永平失利，二王亦受害”，同样将杀害朱慈烺的罪名算在李自成头上。反正不管南北太子身份真伪如何，政客手中的两位太子最终都是被杀。其中“北太子”被记载为假太子自投罗网，据《弘光实录钞》记载，顺治元年（1644）农历十一月，有“太子”投靠皇亲周奎，摄政王多尔衮闻后彻查，最终结果是此人“伪称太子”，遂被处死。
（多尔衮剧照）
但如史学家分析，大明太子在当时的政治环境下意义非凡，无论是李自成、吴三桂、还是南明、清军都会如视珍宝，这张政治牌捏在手中不香吗？为何非要杀掉？所以洛阳栾川老君山下的太子墓更令人相信，大明太子朱慈烺并未落入任何势力手中，而是伪装成道人。老君山下太子墓有碑文四篇，其中“即存一二孑遗，悉保残息于他方”、“万仞宫墙有门难进”、“住世者奉祭扫于冥宸”等字眼令人无限遐想。且据1934年盗墓案经历者回忆，太子墓有玉带、印玺、龙凤剑等物品被盗，何等道士敢拥此物？
（老君山太子洞）
朱慈烺逃至老君山也不无缘由，据《卢氏县志》记载，万历年间，朝廷派太监至栾川开挖银矿，这里的地理环境由监工太监传回京师，宗室无人不知此地。且万历皇帝信道，于万历二十三年（1595）建老君山庙宇，算得上皇家道教圣地，太子逃亡此处完全可以理解。据《明史》、《平寇志》、《甲申传信录》等史料记载，崇祯帝自缢前，对太子五次重托，主要意思是“国家重务，悉委太子”，可见太子朱慈烺带着父亲重托，复明大业逃遁的，所以前往老君山化身道人实属谋划未来之计。只不过复国不成，当了30多年道士的朱慈烺最后郁郁而终。
朱三太子看过《康熙王朝》的朋友一定对朱三太子映像深刻，因为朱慈炯是崇祯皇帝的嫡三子，所以有三太子之称。甲申之变后，他也一样没能逃出皇宫，但也未被李自成杀害，李自成携太子与二王战吴三桂时，朱慈炯也在其列！所以李自成败退时，朱慈炯跟哥哥一样“失踪了”，洛阳老君山的太子墓碑文也提到了“即存一二孑遗，悉保残息于他方”，现代的学者解释这句话时，就认为是碑文撰写者故意隐晦的点出一子二王同时脱离李自成而逃跑，所以后文就不说朱慈炤了，他也是在此时“跑路”的。因为李自成的大顺军逃跑路线为北京向西，经西安、南商、洛南、灵宝、卢氏、襄阳，太子与二王在这条路线上完全有可能轻松逃至栾川。
（朱三太子剧照）
而坊间传闻最多的是朱慈炯从河南又跑到了凤阳，即朱元璋的老家，明朝的中都，而后更名出家，以掩饰身份。至吴三桂“三藩之乱”爆发后，他被一伙趁乱起兵的草莽之士裹挟，从此陷身于湘中地区。康熙十八年（1679），满清安亲王岳乐的大军，进剿武冈州枫木岭，将他抓获，解送京师。清庭到了康熙时期本就宣布不再追究明朝宗藩室属，但朱慈炯毕竟身陷造反一事，所以清庭对其态度是必杀！所以又制造出一个“伪太子案”，官方说“彼时朱慈炯年甚小，必不能逸出，今安得尚存？大约是假”，因而以“假冒前朝皇子，谋反作乱”的罪名将其处死！
难逃清算的皇子康熙三十八年（1699），康熙帝在南京拜祭朱元璋陵墓时，为继续收买人心，召谕“访察明室后裔，授以职衔，俾其世守祀事”，朱慈炤就是在此口谕宣布后被清庭抓获的。这个朱慈炤当年脱离李自成后，亦从河南逃至凤阳，化名王士元（猜测为原是王的意思），后至江浙一带当了教书先生，娶了一妻一妾，育有六子三女，小日子过的也算平静。直到康熙四十七年（1708），朱慈炤身份泄露，被清庭抓获，按理说康熙帝承诺不再迫害明朝余宗，可朱慈炤并没有逃脱被清算的劫难。清庭认为“朱慈炤虽未必有反清之行，但未必无反清之心”，于是将朱慈炤千刀万剐，凌迟处死！
除此之外，朱慈炤的一妻一妾、六子三女，外加一个孙子，全家十三口尽数遇害，崇祯帝的血脉，甚至是此前泰昌皇帝、万历皇帝、隆庆皇帝、嘉靖皇帝的全部血脉，至此断绝！当年清朝发动“金印案”，一次处决13名被羁押在北京的明朝藩王时，就公开发布谕旨，即“凡故明宗室……若穷迫降顺，或叛而复归，及被执献者，无少长尽诛之”。意思就是明朝朱氏宗室，如果是迫于无奈才投降，或者反抗过满清却又投降，或者被属下挟制投降的，无分年龄老少，全部斩首。此时的朱慈炤75岁，当了60年顺民被清算，也兑现了清庭当年的谕旨。
皇子的抉择与南明的走向崇祯帝的这三个皇子都选择了隐姓埋名苟且偷生，当初李自成进攻北京时，大臣建议南迁未成，便有人提出将皇子移至南京主持大局，倘若真是如此，或许南明不会那么混乱。隆武年间，鲁王朱以海割据浙东，自称监国，不听福州的隆武帝朱聿键号令，两相争斗中，浙东轻易丢失于满清，八闽大地无险可守。福州陷落后，隆武帝殉国，唐王朱聿鐭自称绍武帝，桂王朱由榔自称永历帝，两个政权又开始争夺南明皇位，唐桂之争使南明实力进一步损耗，历时一个月便被清军趁虚而入，攻占广东，24名明朝藩王被处决。
以上这些事例都说明当时没有一位能代表正统的皇子，这是南明无法凝聚反清力量的重要原因。这期间最有希望参与领导南明政权的人应该是朱慈炤，但他安安生生的当了顺民，只是在给儿女取名时，依旧按照祖宗家法。即当年朱元璋定下的辈分“高瞻祁见祐，厚载翊常由，慈和怡伯仲，简靖迪先猷”中，取和字辈，以及最后一个用“土”字创造一个字。朱慈炤的这种行为显然就是卑微的维持着祖宗家法，却对老朱家的江山无动于衷。
不过我们也无法一味指责朱慈炤，毕竟那个时期豪杰并起，各股势力皆非善类。很难说李定国是否真心拥保永历皇帝，郑成功被隆武皇帝钦封“国姓爷”，这里又有多少尴尬和苦衷？作为崇祯嫡系子孙，是否真能一呼百应？或是成了挟天子令诸侯的傀儡？与其这样，明哲保身并非不是良策，为崇祯一脉传承香火，留得青山总归是万全之计。可是清庭基本扑灭反清势力后，康熙帝诏喻“诏故明宗室子孙众多，有窜伏山林者，令悉归田里；有改姓埋名者，姓氏皆复旧”。这是清初最险恶的诈骗行为，二王纷纷落网，又纷纷被诛，这完全是清庭的不讲信义，葬送了二王延续龙脉的愿望。
“艰辛避海外，总为几茎发。于今事毕矣，不复采薇蕨。”——朱术桂
康熙二十二年（1683），清克台湾，郑氏政权灭亡。流亡在此的众多明朝远支宗室已非勋贵，在郑氏集团也未染指军政，又因血缘和皇室距离太远，构不成太大威胁，因此侥幸得以活命。他们被清廷收缴谱牒和印信，安置于山东、河南等地，从此务农为业。唯有辽王一系的宁靖王朱术桂，一直作为明朝宗室在郑氏军中的代表，观礼军国大事，不甘剃发易服，做满清顺民，故言“台湾有变，我再无他往，当以身殉”。当清军克澎湖，郑克塽决定投降时，朱术桂效仿崇祯帝，自缢而亡。
以上崇祯三子的下落多为后世推测，主要依据为史料、卷宗整合，以及考古推测，而就《明史》记载，崇祯帝三子在随李自成西撤时失踪。明遗太子、三太子的故事多为文学创作引用，因为这本就无法定论，加之满清迫害明宗室是一个不光彩的事情，所以史料中多有遮掩。如南北太子案，多尔衮所杀之人或许就是太子真身，只不过以伪太子定罪，遮掩满清不仁不义之举，平息社会舆论，降低民怨声势。反而是长平公主，被清庭圈养，顺治帝还亲自为其择选驸马，这种“仁义”之举被记录的相当详细。民间反清势力则非要传言长平公主出家为尼，成为一代宗师，再好比“二王皆被害”的言论也出自南明，说明崇祯后裔的生死问题在当时属于南北对峙的舆论工具，这才使该问题扑朔迷离，吊人胃口！
