经典遗传学中，有三大著名的定律，分别是基因分离定律、自由组合定律和连锁互换定律茧蛹的做法。其中自由组合定律发生在非同源染色体上的非等位基因之间。而根据刘祖洞先生所编撰《遗传学》教材第二版中所言，非等位基因间虽发生自由组合，但在作用上并不是没有关系的。比如会有互补作用（不同对的两个基因相互作用，出现了新的形状，这样的基因叫互补基因）、修饰作用（有些基因可能影响其他基因的表型效应，如加强、减弱或抑制其他基因的表现型）或上位效应（某对等位基因的表现受另一对非等位基因的影响，随着后者的不同而不同）等。书上对于修饰作用所举的例子，就是家蚕表型效应被完全抑制的现象：家蚕中有结黄茧的也有结白茧的，这是品种特征之一。将黄茧和中国品种的白茧交配，所结子一代都是黄茧的，表明中国品种的白茧是隐形的，而将结黄茧和欧洲的白茧交配，所结子一代都是白茧，也就是说欧洲的品种白茧是显性。这是对蚕茧颜色的解释，是从基因型的角度进行的。在书中也有对家蚕皮肤斑纹的例子，家蚕皮肤斑纹有黑缟色、白色和淡缟黑，前两者交配产生的后代肤色为第三种，这属于不完全显性。我们可以这样推测，既然家蚕的皮肤斑纹都可以是黑缟色、白色和淡黑缟色的，那其发生变态作用后形成的蛹自然也可以有不同的颜色了。而还有一方面是，生物的表现型由基因型和环境共同决定，所以环境因素也有可能影响其蛹颜色的深浅。举个例子来讲，比如说形成蛹的过程中水分少的话，会有一定的色素沉积，形成的蛹便会颜色相对深于水分充足的时候。……希望楼主有没有耐心读完这么大堆话。如对解释有不解之处或有其他高见，欢迎追问讨论。