在戊戌变法刚开始的时候，慈禧太后还是比较支持的。（慈禧当政48年，如果不支持，变法根本搞不了100天！）那么，后来又为什么发生戊戌政变的呢？
康有为曾这样说：“反维新运动，是西太后和光绪皇帝间争权的结果。”
梁启超分析政变原因则言及有两大弊端：“其一由西后......久蓄废立之志；其二由顽固大臣痛恨改革也。”
也就是说，刺激戊戌政变发生的主要原因是帝后的权力之争，但也不可避免地掺杂了一部分政见之争。
慈禧当政48年，不能不说她对权力有一种由衷的嗜好。当初她同意变法的时候，其实就采取了一系列防范措施：把光绪帝的师傅翁同龢赶出朝廷，让他回家养老去了（翁同龢其实不属于顽固保守派，他本人是倾向于变法的，也为维新摇旗呐喊过）；把自己信任的荣禄安排在执掌京畿军权的直隶总督兼北洋大臣的位置上；收回二批以上大臣的任命权，准备再天津阅兵。
这样一来，就把军权、人事权都掌握在了自己的手中。
预先让荣禄有兵，大概是慈禧怕维新分子把光绪引上于自己不利的道路，以防“帝党”借变法之机扩大自己的力量。但是，在光绪帝及康梁看来，“为荣相请训时，太后两次密语者，即天津阅兵将行废立也。”
慈禧天津阅兵的安排，深深刺激了维新派，他们认为慈禧这是打算废掉光绪，而光绪废掉，变法也就会戛然而止，所以，在康梁主持下，就有了召见袁世凯等一系列活动。
对于阅兵，慈禧开始并没有废立之心。直至八月初二日，庆亲王、端亲王一起到颐和园哭求太后训政，且信誓旦旦地说：“伊已定初五日觐见俟见机一洩，恐天下不复为太后有矣......”
慈禧这个人的掌控欲是很强的，她总是小心翼翼地注视着周围所有人的举动，即便是到了其生活的最后几年，美国画师卡尔为她画画时，她都要派御前翻译官德龄监视。
而光绪即便在亲之后政以后一般事事都要请懿旨，但这一次竟然自作主张把一部的尚书、侍郎六人统统免职，把一个“七品小京官”破格升为四品。第二天，不仅又破格提拔了四个小臣，而且赋予更大的权力。
七月十二日，光绪又突然将李鸿章免去总理衙门大臣，虽李鸿章因甲午一战声誉受损，但毕竟是慈禧的得力干将。与此同时，光绪在康梁等人的建议下，召见袁世凯。也许他并不是有意要做什么或是想和太后作对，但他所做的无疑已向慈禧的权威直接发起了挑战
这当然是慈禧所不能容忍的。
慈禧的这种态度变法，可以从历史记载中找出一些蛛丝马迹。光绪到颐和园朝旨，太后责难说：“九列重臣，非有大故，不可弃，今以远间亲，新间旧，徇一人而乱家法，祖宗其谓我何？”
说到底，光绪和维新派后来的一系列动作，触动了慈禧敏感的神经，在侵夺慈禧的人事任免权，挑战她的权力威信。
政变的另一主要诱因则是路线问题。
1898年的争论并不是集中在要不要改革的问题上，而是集中在是推行康有为的激进主义还是继续坚持温和的自强路线的问题。
慈禧自执政以来，一直奉行比较温和的保守自强路线，在洋务运动中，自强运动已经坚持了近40年，而维新派要将法尽变，将顽固守旧分子尽除，这不仅是她心理不愿接受，而且不符合她的权力制衡观。
在当时的社会大背景下，慈禧还不能接受“俄顷尽废二千年来相蒙旧制”，况且当时的国情决定改革并非是一蹴而就的。
后来的事实也证明了，慈禧也是可以扯起“变法”的大旗的，清末十年宪政，比起维新变法来说更激进，更深化，程度已经到了把埋葬清王朝的程度了。而这其实也是慈禧在庚子事变后维持自己摇摇欲坠的统治， 不得已的选择。
从光绪的一系列人事罢免开始，政变就必然要发生了。维新派企图发动军事暴动，尤其是伊藤博文的来华，促成了政变的发生。
维新派要发动军事暴动，就要选将，他们打算在袁世凯、董福祥、聂士成三人中选，经过商议，认为后二者“一介武夫”，难当重任，最后认定袁世凯才是“将才”，遂有了9月14日袁世凯入京，16、17两日光绪接见袁世凯，以及18日谭嗣同秘访住在法华寺的袁世凯，商议的也就是政变这个事情。
维新派自以为密谋是在秘密进行的，但实际上很早就被慈禧所知晓了。
早前，御史杨深秀同文悌在宫内值班，文悌 反复向杨深秀说慈禧的坏话，骂她专制，还慷慨背诵徐敬业《讨武氏檄》，扬言谁敢做当今的徐敬业，他就愿意做骆宾王。这人举例都举得不吉祥，徐敬业骆宾王死得悲壮啊。
杨深秀听了很受感动，便向康有为提及此事，康让杨小心文悌的为人，然而，杨深秀终为文悌感动，泄露了维新派准备军事暴动的秘密。两面三刀的文悌立马掉头跑去颐和园告发了维新派。
9月中旬，慈禧频频活动，使得康有为等人的军事准备加紧进行。维新派一面与袁世凯接触，让他去领导天津新军入京包围颐和园，同时还准备了一干“死士”，让毕永年率领，进颐和园捉拿慈禧太后。
9月14日晚9点，康有为向毕永年发布命令，让他赶紧集中死士，近日发动“围园捕后”；9月16日晚8点，康有为、谭嗣同又找毕密谋，让他去袁世凯军营中与袁世凯一起行动，并且说这是光绪的意思。
其实，慈禧不仅从文悌的告密中知晓了维新派策划政变的密谋，同时，在光绪接见袁世凯的时候，总是有慈禧安排的人偷听。
慈禧一直密切注视维新派的上述活动，剑拔弩张，待时发动政变。恰在此时，日本前首相伊藤博文来华访问，促进了慈禧发动政变，向维新派举起 屠刀。
1898年秋，伊藤以个人游历身份先去了朝鲜，9月8日由朝鲜来清国，9月11日到达天津，荣禄听说伊藤博文来华疑虑重重，怕有“非常之变”，而那几天，维新派也在劝关系请外人为顾问，帮助变法，伊藤博文就是首选对象。
而保守派最怕外国人参与引起国际争端，9月12日，荣禄将伊藤接入天津直隶总督衙门，又在北洋医学堂设宴招待，让袁世凯和聂士成作陪。席间，荣禄借故溜出去，电告慈禧，让保守派作出对策。
9月16日，康有为和军机处的维新章京分别与进京的伊藤博文谈话，谈及的全是变法之事，伊藤答应康有为，愿在光绪与太后之间作出努力，促成变法。一阵活动之后，维新派决定聘请伊藤作变法的顾问官，光绪同意，决定9月20日召见他，同时决定9月20日召见英国人李提摩太，一样就职顾问官。
伊藤与维新派的种种活动，刺激到了保守派，他们下定决心，要在9月20日内光绪与伊藤接触之前先行下手，发动政变。
9月18日，保守派骨干杨崇伊向慈禧上密折，请求太后“训政”。密折说：东洋伊藤到京：将专政柄“，只有请太后”训政“，天下才可”转危为安“。9月19日，荣禄由天津赶往北京，参与政变密谋。当晚，慈禧由颐和园赶回紫禁城，宣布”训政“，幽禁光绪帝，发动了政变，至此，百日维新宣告失败。
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