袁崇焕诛杀毛文龙的过程，蛮具戏剧性，限于篇幅，不多赘述靳文龙。
可袁崇焕干嘛要诛杀这个相当于“军区司令”的清军大将呢靳文龙？
第一靳文龙，这与袁崇焕的行事任性、敢作敢为、狂气十足的强烈个性有关。
第二，也与毛文龙冒领粮饷、巨额行贿、军纪涣散等诸多问题有关。
一，袁崇焕性格强悍，既能领兵打仗又是十足书生。袁崇焕万历四十七年在北京考中进士，时年三十五岁，被派去福建邵武作知县。天启二年，他进京述职，因对辽东军事发表见解，引起御史侯恂关注，保举他担任了兵部职方司主事。这是从正七品升任为正六品。
当时，清兵逼近山海关，北京已经戒严。
怎知，袁崇焕一人一马擅自出关去考察，回来后详细报告上司说：“只要给我兵马粮饷，我一人足可守得住山海关。
按照常理，此等擅离职守本当罢官。但军情危机，袁崇焕反被升为兵备佥事，派去山海关，作为辽东经略王在晋属官。
不久，孙承宗取代王在晋任辽东主帅。天启二年九月，孙承宗派袁崇焕和副将满桂助守宁远。
袁崇焕到任后，一方面大力修城，一方面严厉整饬军纪。一名校官虚报兵额，吞没粮饷，被他发现，当即下令斩了。
就朝廷律例，袁崇焕本无权处斩军官。孙承宗大怒，袁崇焕随即叩首谢罪。孙承宗内心非常赏识袁崇焕，这件事最后也就不了了之。
应该说，从这件事起，已经埋下了后日袁崇焕杀掉毛文龙的根苗。
这之后，还发生了好几件袁崇焕“胆大妄为，擅作主张”的事情，比如，擅自底下和满清议和，等等，就不多说了。
在这些事情中，袁崇焕的极强个性以及浓厚的书生气，都起了极大作用。
二，毛文龙骚扰清军有功，但也是个干坏事的坯子。毛文龙，杭州人，他的舅舅在兵部做官，于是被推荐到辽东，在总兵李成梁麾下任军官。
后在袁应泰、王化贞手下，因造火药和练兵成绩不错，被提拔到相当于团长的职位。
辽东失陷后，毛文龙带领一彪人马游走于沿海各岛和辽东、朝鲜之间。有一次，偷渡鸭绿江，活捉了清军守将。
这对屡战屡败的明军来说，已经算是极大功绩。为此，王化贞再次升了毛文龙的官。
后来，毛文龙将根据地定于朝鲜的皮岛，并招募从中国逃难的汉人，声势渐盛。为此，明廷专门为他设立了一个“军区”，叫“东江镇”，升其任总兵。
董其昌等朝臣接着不断上表，吹嘘毛文龙的功绩，年轻的天启皇帝就不断给毛文龙升官，升到左都督，挂将军印，赐尚方宝剑。天启皇帝提到毛文龙，甚至不叫名字，而称“毛帅”。
严格来说，毛文龙除去抓过一个清军将领，基本从没打过胜仗。不过，他的确屡战屡败、屡败屡战，起到了骚扰牵制清军的作用。
毛文龙驻守皮岛，主要干三件事，一是向商船征税；二是派人到辽东和朝鲜挖人参；三是向朝鲜收保护费。
最可恶的，他的驻军一共二万八千人，三千匹战马，加上外围有一千余人。但他始终向朝廷要十万人的粮饷。
另外，天启年间，毛文龙向“九千岁”魏忠贤和其他有权的太监、大臣，源源不断地巨额行贿，由此得到了魏忠贤等的大力袒护。
三，袁崇焕不是偶然冲动，而是早就下定决心要杀了毛文龙。毛文龙与魏忠贤等沆瀣一气，魏忠贤还杀掉了弹劾毛文龙的御史麦之令。这让东林党和其他反对魏忠贤的清流派，由此也很痛恨毛文龙。
袁崇焕远在边关，没受到朝廷杀戮东林党的牵涉。但他内心，是坚决站在反对魏忠贤一边的，这是袁崇焕最终要杀毛文龙的重要因素。
加之袁崇焕曾在宁远大战努尔哈赤，取得大捷。但战事打得极其残酷艰险。在他最困难的时候，毛文龙却始终按兵不动，甚至没出动一兵一卒骚扰一下清军。袁崇焕从内心里，是把毛文龙看透了的。
崇祯即位以后，毛文龙仍然按十万兵马申领粮饷。一些朝官看不过去，于是上奏要求此粮饷经袁崇焕转发。
这遭到毛文龙的激烈反对，因此一直未能执行。
袁崇焕早就生了杀掉毛文龙之心，但限于权力有限，只是无可奈何罢了。
崇祯元年，袁崇焕受任为兵部尚书、兼右副都御史、督师蓟辽、兼督登莱天津军务，赐尚方宝剑。可以说，他既是明军的最高将领，又是朝廷派任的最高文官督军，还是前敌海陆军总司令。
毛文龙完全在他治下了。
所以，袁崇焕很快当面宣布毛文龙的“十二大罪状”，把他斩了。
四，探讨袁崇焕杀毛文龙的几个问题。第一袁崇焕有无权利杀毛文龙。
从袁崇焕所任职务，而且大敌当前，他又手握尚方宝剑等等来说，袁崇焕实际上是可以杀毛文龙的。尚方剑，即“皇帝诛杀臣下的权力象征”。
这件事，很像诸葛亮斩马谡以及临终杀魏延。
第二，毛文龙是否有罪，是否罪大当诛。
毛文龙贿赂串通魏忠贤；强要十万粮饷；宁远大战拒不出兵。特别是朝廷提出粮饷由袁崇焕转发，他竟然威胁要反水，说“取南京犹如反掌”云云，都是可以定罪的。
按照上面说的最后一条，毛文龙也是可杀的。况且大敌当前，袁崇焕面见毛文龙长谈三天三夜，他仍不悔改，就更可杀。
第三，是不是袁崇焕奏请崇祯后再杀毛文龙，或把毛文龙递解北京处理更好。
这大约都属于事后的分析而已。
毛文龙在朝廷关系很深，不论上奏崇祯或者递解北京，毛文龙很可能都立即就会知道消息，结果激起他的兵变也未可知。
这个事情的关键，是崇祯一开始就并不信任袁崇焕，此时更是对袁崇焕起了疑心。这是后来崇祯坚决要除掉袁崇焕的根本所在。
袁崇焕属于书生当官，尽管很能打仗，但是在崇祯那样的皇帝帐下，袁崇焕又是那么耿直强势的性格，不被害，反而不正常了。
