南京曾经做过安徽省的省会
康熙六年（1667年），以江南右布政使司为江苏布政使司，驻苏州府；以江南左布政使司为安徽布政使司，驻江宁府（今南京市），直到乾隆二十五年（1760年），安徽布政使司才移驻安庆，江苏布政使司移驻南京。
所以从经济、民政的角度讲，南京是安徽省的省会，苏州是江苏省的省会毫无违和感。但是南京和苏州靠得太近了，清朝统治者感到不放心，拆分江南省为江苏省和安徽省的本来目的就是要分离政治中心和经济中心。如果南京继续做安徽省的省会；苏州做江苏省的省会，还是没有达到拆分的目的。
清朝入关以后，南京作为前明旧都，是江南士子心目中的政治中心，并且南京周边的江南地区还是经济中心，这里将来有可能变成“反清复明”的基地，所以从顺治年间开始，就不断的降低南京的地位。
设置安徽省和江苏省，是这一系列计划中的最后一环，最终目的是彻底瓦解南京的政治中心和经济中心的地位。
南直隶与江南省
1368年，明太祖朱元璋建立明朝，定都南京，现在的安徽省、江苏省、上海市由中央六部直辖，合称“直隶”，民间也称“直隶省”。
靖难之役以后，朱棣夺位成功，正式登基称帝，不久以后，朱棣迁都北京，北京所在的周边地区就变成了“直隶”，由于南京是明太祖定下的都城，朱棣迁都北京以后，明朝很长一段时间都是把北京作为“行在”，名义上真正的都城还是在南京，直到明英宗时期才正式定都北京。
明朝一直都是两京制，有两个都城，明朝在内地的行政区划，简单概括就是：两京十三布政司。北方的直隶省叫“北直隶”，南方的直隶省叫“南直隶”。
所以朱棣定都北京以后，南直隶的建制还在，南直隶属于六部直辖。管辖区域就是今天的“两省一市（安徽省、江苏省、上海市）”的绝大部分地区。
清朝入关以后，对原来属于明朝政治中心的南京和经济中心的南直省非常的忌讳，在行政区划上做的第一件事就是改南直省为江南省，改南京为江宁市，寓意江南地区永远安宁。
（江宁府大报恩寺）
这样一来江南省直接从中央六部直辖省，降格为地方行政区域。
清顺治十八年（1661年），清政府将江南省一分为二，东称“江南右布政使司”，省会在苏州府（今江苏省苏州市）；西称“江南左布政使司”，省会在江宁府（今江苏省南京市）。
布政使司在清朝是管理一省民政和经济的官员，相当于省长。明朝的时候，一省之中管理民政的是布政使司、管理司法的是按察使司、管理军事的是都指挥使，都指挥使、布政使、按察使并称三司，互不统属。
由于一省的民政、赋税、司法、军事等事务分属三司，后来发现在工作上不能作到有效的协调，于是开始设置巡抚和总督，巡抚协调一省的军政事务，总督则是协调数省的军政事务。
（两江总督，两江即是江南省、江西省。）
顺治二年（1645年）设江南巡抚，驻地苏州， 辖江宁府、苏州府、松江府、常州府、镇江府五府，相当于今天的苏南地区。
顺治元年（1644年），设置凤庐巡抚，驻淮安（今江苏省淮安市），以操江巡抚管安徽事宜。顺治十八年，设安徽操江巡抚。
这个时期的安徽的皖南地区和安庆府是操江巡抚辖地，苏南是江南巡抚辖地，苏北和皖北是凤庐巡抚管辖。江南省有三个巡抚。
清康熙三年（1664年），在司法方面，进一步拆分江南省，分设江南、江北两按察使，江南按察使驻江宁（今江苏省南京市），江北按察使驻泗州（今安徽省泗县），从此江南省的司法，一分为二，江南按察使司、江北按察使司。
从顺治到康熙初年的江南省的行政区划比较混乱，所以还不如把江南省分为两个省比较好，做到布政使与按察使辖地一致。
（清朝版图）
康熙元年（1662年），始设安徽巡抚，驻安庆府。
康熙四年裁凤阳巡抚，所属庐州、凤阳2个府，滁州、和州2个州归并安徽巡抚。
康熙六年（1667年），设江苏省巡抚，驻苏州府，辖江宁府（今南京市）、苏州府、淮安府、扬州府、镇江府、常州府、松江府（今上海市）、徐州府以及海州（今连云港市）、通州（今南通市）直隶州，大致相当于今天江苏省全境。
当时拆分江南省的时候，有人建议江南、江北划江而治，把江南省横着分开，但是有人反对，认为这样一来，江南越来越富，江北越来越穷，于是决定“肥瘦搭配”，竖着切开。皖南带皖北，苏南带苏北，这样就平衡了。
（清朝中后期部分省份行政区划图）
从此江南省一分为二，江苏省和安徽省正式建立。
但是这个时候，江苏和安徽还有一种藕断丝连的感觉，江苏巡抚驻地在苏州，安徽巡抚驻地在安庆，在南京则设有节制江苏、安徽、江西三省的两江总督。
自康熙六年（1667年）至乾隆二十五年（1760年）安徽布政使司一直寄驻在南京，后才移驻安庆。
而江苏、安徽两省的乡试，则始终共用一个江南贡院（在今南京市），也就是说在清朝，虽然安徽和江苏分开了，但是安徽和江苏的读书人都在南京参加乡试。
