一、申请设立保税工厂，必须向海关提交下列文件：
(一)工商行政管理部门核发的营业执照；
(2) 《加工贸易保税工厂申请书》和《加工贸易保税工厂申请事项表》；
(3)企业申请报告；
(四)保税工厂管理制度和仓库保管员岗位制度；审批程序：设立保税工厂，应当经经办海关关员、部门、总监和主管海关关员四级审批，然后报办公室发文。
二、外商投资企业加工贸易合同备案应提供以下文件：
(1)外经贸部颁发的《加工贸易业务批准证》；配额许可证管理的商品，还应提供《外商投资企业加工贸易进口配额证明》。
(二)进口料件加工进出口合同或进口料件加工合同(一式两份)。
(3) 《登记手册》，已填写企业基本信息并加盖企业公章，报关行打印(预录入)；
(4)需要外发加工的，还应提供与加工单位签订的加工协议原件；
(五)加工产品不直接出口，需要结转国内其他企业进行深加工的，需提供深加工单位的出口合同或加工贸易手册；
(六)海关要求的其他文件。
三、外(工)贸公司加工贸易合同备案应提供以下文件：
(一)外经贸部门出具的加工贸易业务批准证书；配额许可证管理的商品还应提供《加工贸易备案呈报表》；
(二)材料加工进出口合同或材料加工合同(一式两份)；
(3)与加工单位的加工协议(原件)加工单位的营业执照和税务登记证；如果是现场手册，还应提供加工单位的保函和业务单位主管海关的印章；
(4)如需外包加工，还应填写《加工贸易业务批复单》，并提供加工协议原件。
(5) 《外发加工申请表》，已加盖公章，并由报关行打印的加工贸易备案报告(预录入)。
(六)海关要求的其他文件。
四、加工贸易合同变更申请应提供以下文件：
(一)企业申请报告；
(二)合同变更金额超过1万美元的，应提供外经贸部门的批准文件
(三)变更后的合同；
(4)劳动合同变更预声明声明。审批程序：一般项目变更只需要二次审批，其中导入金额的变更需要再次到银行变更台账。关境以外的关键敏感商品进出口口岸需经三级或四级批准。
五、加工贸易设备审批应提交以下：证明
(一)外经贸部批准的加工贸易合同(包括设备非价格条款)；
(2) 《登记手册》;
(3)加工贸易登记手册和加工合同备案报告(预录入)；(注：所有贸易方式填写“非定价设备”，免税性质填写“加工设备”)；
(四)其他相关文件。
不及物动词加工贸易手册：验证所需文件
(1)已完成的加工贸易手册；
(二)进出口报关单；
(3)预录入报表及核销单；
(四)海关要求的其他文件。
七.加工贸易手册：扩展所需文件
(1)加工贸易手册延期；
(二)、企业延期申请报告；
(三)延期超过三个月或者第二次延期的，应当附外经贸主管部门的意见；
(4)递延预录入。
八、加工贸易、深加工、结转和转移所需文件：
1、外经贸主管部门的批准意见；
(二)、《加工贸易不作价设备申请备案清单》一式四份；
(3)转让方的《中华人民共和国海关加工贸易保税货物深加工结转申请表》；
(4)双方签订的购销合同或协议。
(五)海关要求的其他文件。
九.加工贸易深加工结转所需文件：
十一、客户自备配件的审批。具体范围为监察部(1996)120号附件所列78种商品，金额在5000美元以下(含5000美元)。根据手册管理超出范围的部分。
受理登记备案时应收集以下文件：
(1)企业在海关《登记手册》上登记编号；
(二)与外国投资者签订的出口合同或协议一式两份；
(3)进口辅助材料发票两份；
(4)如果是外贸或工贸公司，还必须提供与工厂签订的出口产品采购合同正本一份，副本一份。
保税：从国外进口的货物全部加工出口，避免以后办理出口退税手续。它们在进口时被暂时记录下来，先免征关税，这就是所谓的保税。
非保税货物：从境外进入保税区并已完成进口报关手续的货物。或者从区外进入保税区尚未办理出口报关手续的货物。
扩展数据
保税区又叫保税仓库区。这是一个由一个国家的海关设立或经海关批准注册，由海关监督管理，可以长期储存商品的区域。保税区可以促进转口贸易，增加相关费用的收入。带入保税区的货物可以储存、改装、分类、混合、展示、加工制造，但必须在海关监管范围内。
存放在保税区的外国货物不必缴纳进口税，但仍可自由出口，只需支付仓储费费和少量费用，但如果要进入关境则需交纳关税。各国的保税区都有不同的时间规定，逾期货物未办理有关手续，海关有权对其拍卖，拍卖后扣除有关费用后，余款退回货主。
又称保税仓库区，是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域，是中国目前开放度和自由度最大的经济区域。其功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠的政策。
参考资料来源：百度百科―保税
参考资料来源：百度百科―中华人民共和国海关法
