1.所有发票均需确认用途后再进行勾选

可勾选的发票类型为：增值税专用发票、机动车统一销售发票、海关进口增值税专用缴款书、增值税电子普通发票（通行费）重庆增值税发票。发票用途包括：用于申报抵扣或不抵扣、用于出口退税和代办退税，三项用途相互独立、每份发票只能选择其中一项。

2.抵扣勾选增加确认操作

不管是扫描认证的还是平台勾选的发票，最后都需要登录综合服务平台使用纳税人自行设置的“确认密码”对抵扣统计数据进行确认，否则申报时系统无法获取进项税额。

申报期内，纳税人可使用“抵扣勾选统计”功能进行抵扣申请，并对抵扣统计表进行确认，完成抵扣统计确认后填写申报表进行申报。。

3.允许多次撤销确认操作

所属期内申请统计和确认签名后允许多次撤销和重新申请/确认，撤销确认操作仅可在未申报或成功撤销申报的前提下进行。申请统计或确认后，发票勾选状态被锁定，需要撤销统计进行抵扣/不抵扣操作。

4.更改有效税额

更改有效税额时，注意有效税额小于等于税额。一旦进行部分勾选申报缴税后则不可撤销，剩余的税额也不能二次被抵扣。

5.不抵扣勾选

进行不抵扣勾选申报缴税后不可撤销，代表纳税人确认了该张发票不抵扣，以后税款所属期不可转为抵扣。

6.退税勾选

①仅外贸企业、外综服企业拥有该模块。

②没有该模块需要查看纳税人档案是否为外贸企业、外综服企业。如未同步，需要到税务局端加载档案（可以联系主管税务所，在线远程操作）。

③纳税人可在每个自然月所属期对当期勾选的发票进行多次确认，退税勾选确认后不可撤销。确认前可以在撤销退税勾选后重新选择该张发票为抵扣还是退税。

④外综服企业在平台上具有代办退税勾选功能，该功能只适用于有代办退税标识的增值税专用发票。代办退税勾选功能勾选即确认，且不可撤销。

⑤已抵扣撤销后才可以进行退税勾选。

7.逾期退税勾选

2017年1月1日（不含）前开具的增值税专用发票、机动车销售统一发票和海关进口增值税专用缴款书的抵扣勾选需在税务局端审核通过后，纳税人可通过“抵扣勾选-逾期抵扣勾选”进入逾期抵扣勾选操作页面，进行勾选或撤销勾选操作。该功能不取代现有的逾期增值税扣税凭证抵扣申请审核流程。

自2020年3月1日起,2017年1月1日及以后开具的抵扣凭证（增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票），取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。

8.抵扣统计确认密码

纳税人在“企业档案信息-抵扣统计确认密码维护”模块下可自行设置、修改、重置抵扣统计确认密码。

9.注销勾选

纳税人可以通过“注销勾选”对已勾选过的发票进行提前确认，不需要等到次月首日。纳税人仅在注销税务登记时使用注销勾选功能。纳税人注销勾选后，需要完成注销申报或撤销注销勾选。

10.回退税款所属期

在企业符合回退税款所属期条件时，且企业需要回退税款所属期到上一期继续进行发票认证工作时，平台支持回退税款所属期到上一属期的功能。

回退税款所属期具体条件如下：

①在回退前的税款所属期，“抵扣勾选”模块未申请统计或已撤销统计；

②上一属期撤销申报或征期截止日第二天平台未接收到已申报结果切换税款所属期到下期的；

③平台从征管获取到的需要回退的税款所属期申报结果为“未申报”；

④回退税款所属期功能只在申报期内有效。

11.延期抵扣勾选

平台增加了“抵扣勾选-延期抵扣勾选”功能，纳税人可以选择符合条件的税款所属期，补充进行该期进项发票的勾选、确认操作。同时，该功能支持批量勾选操作以及符合逾期认证条件数据的查询、勾选和确认操作。

12.发票查验

增值税发票查验可通过“进项发票查询—发票查验”功能实现，发票查验按钮链接“全国增值税发票查验平台”，点击后，自动跳转。