在《射雕英雄传》当中神雕侠侣全真教加点，正式故事开始之前，王重阳就在古墓旁边建起了全真教的道观，而后收了丘处机等七个弟子，全真教慢慢的壮大了起来。而后王重阳更是在第一届华山论剑夺得了天下第一的称号，这个可是一个活招牌啊，全真教就此越来越兴旺。而后像郭靖也曾拜师全真教，结下了深厚的香火之情，先不说全真七子的能力如何，以郭靖的为人也定然不会对全真教放任不管的。

到了《神雕侠侣》当中神雕侠侣全真教加点，郭靖也曾经带着杨过上全真教，想要托管。但是正好碰到蒙古高手逼宫全真教，正好搭救。这个时期的全真教看似被蒙古人都逼上山来了，但是人家实际上是不弱的，虽然缺乏最顶尖的高手。但是江湖口碑是非常好的，正如书中写道的，全真教最近以来好生兴旺，几个道长都收到了好徒弟，在武林的名气越来越响亮，扶危解困，做下了无数好事，为江湖人士所尊重。但是到了《神雕侠侣》的后期，全真教因为其激烈的抗金行为，也付出了代价，蒙古人重兵出击，围攻终南山，终南山上大火连天，虽然最后全真教门下弟子都全身而退了，但是门派驻地终究是被毁了，祖宗基业没了，也算是衰落了。

而到了《倚天屠龙记》时期，书中通篇都武当神雕侠侣全真教加点、少林、明教、峨眉等等几大门派，压根儿就没有提到全真教的名头，难道全真教就此衰落消亡了？其实也没有，在连载版和三联版当中，的确没有提到全真教，而在世纪新修版当中，金庸填补上了这个漏洞，用一句话交代了全真教的现状。

张三丰道：“请说。”赵敏道：“普天之下，莫非王土，率土之滨，莫非王臣。我蒙古皇帝威加四海，张真人若能效顺，皇上立颁殊封，武当派自当大蒙荣宠，【就如当年我太祖皇帝荣封全真教长春真人一般，敕管天下道教，】宋大侠等人人无恙，更是不在话下。”

在赵敏招降张三丰一段当中，用了全真教的长春真人，也就是丘处机来做例子。说太祖皇帝也就是成吉思汗曾经让全真教长春真人敕管天下道教，也就是说主管天下的道教，也就是说从原则上去判断，武当也得归于全真教的管辖。而为什么全真教在《倚天屠龙记》当中完全没有出现呢？这个我们可以从小说和历史两点去分析。

如果单单从小说去分析的话，比较简单，一个可以认为是全真教为之前激烈的抗金行为付出的代价，剥夺了武力，以单纯的机构存在。另一个的话可以认为，全真教既然已经接受了元朝的册封，那么已经不算是单纯的江湖门派了。更何况其他的门派一直都是在抗金的，不是一路人，玩不到一块去，所以全真教门人也就不出没江湖了。

太祖时方西征，日事攻战，处机每言欲一天下者，必在乎不嗜杀人。及问为治之方，则对以敬天爱民为本。问长生久视之道，则告以清心寡欲为要。太祖深契其言，曰：“天锡仙翁，以寤朕志。”命左右书之，且以训诸子焉。于是锡之虎符，副以玺书，不斥其名，惟曰“神仙”。

而从历史去分析的话，我们就要大致说一下全真教在元朝的发展史了。全真教可以说是随着元朝发展起来的。在二十四史当中的《元史▪列传第八十九释老（二）》当中有提到丘处机。宋朝、金国来召，都不去，而蒙古来召的时候，丘处机认为：天子的使节来征召我，我应该前往。于是待着十八弟子前往会面，劝成吉思汗停止杀戮。这个也就是我们所熟悉的“一言止杀”或者说“止杀令”。次年，再见成吉思汗，聊天之后，成吉思汗说到：“天锡仙翁，以寤朕志。”赐予丘处机虎符、文书，称之为“神仙”，以“道家事一切仰‘神仙’处置”，诏丘处机掌管天下道教。这个时间段可以说是全真教茁壮成长的时间，丘处机所创立的全真龙门派也就此壮大。

但是全真教的发展也并非一帆风顺的，中国历史上有十余次的“佛道之辩”。有两次就是发生在元朝元宪宗时期，前后相差三年。第一次发生在元宪宗五年，以李志常为首的全真道败北，被迫烧毁“伪经”经版，退还佛寺37处。第二次发生在元宪宗八年（公元1258年），是中国历史上规模最大，影响最深远的佛道之辩。以张志敬为首的全真道一方再次败北，结果樊士应等道士削发为僧，被迫烧毁“伪经”经版45部，退还佛寺23处。（具体的大家可以查查历史，道教其实有点憋屈，佛教的联合作战，涉及宗教，太详细的不好写）全真教也就逐渐的衰落了。而《倚天屠龙记》的故事发生在元朝末年(公元1337年-1360年)，全真教已经经历了那段时期，可以说的确有些衰落了。