合理的布局洁净室设计，是手术室净化工程高效运行的保障。不合理的布局，易形成气体涡流、增加人员移动距离、物品运输距离，出现各类问题。手术室净化工程概括有五种手术室净化典型布局方式。

中央岛型

基于手术感染是以“接触感染”为主的观点。由电梯运来的无菌材料，通过中央洁净厅送入各个手术室。使用后物品，由外廊运出，而且医生、护士使用的洗手池，也要设置在外廊。

单向流型

手术室净化严格遵守洁、污分流原则，病人、医生、无菌物品，都是单向流，不允许逆向流。两者之间互相彻底不交叉，是解决洁、污分流的最彻底的布局方案。但这一类的手术室净化，随着手术室数量增多，平面流向和设计将变的相当复杂。

单走廊型

从“污物不扩散”的观点出发，手术使用后器材、废弃物，必须打包后再运出去。需要消毒处理的物品，就地消毒后运出，或返回手术室，该形式的手术室净化必须带前室，其功能是在手术前、后，对手术物品进行有效彻底地消毒。

双走廊型(污物型)

双走廊型是手术室净化最为常用的布局形式。从“防止交叉感染”着手，关注手术使用后的器材、物品处理，注重消毒。将手术使用后的器材、废弃物，由外走道送出，其它器材、医生、病人，则全部由内走道出入。

双走廊型(清洁型)

该型式的手术室净化平面布置，大致和双走廊型(污物型)相似，只是手术室术前医生、器材是清洁的，由洁净走廊进入。而术后医生从清洁走廊出去。

五种布局方式，各有短长，手术室净化工程中，专家会根据建筑布局、洁净需要，合理的设计手术室净化工程的布局，既能保证净化手术室的质量，又可节省工程造价。而许多的净化工程公司由于缺少经验丰富的技术人员，往往做不到这一点。