1962
故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署(DRAPA)秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”(Blackwatch);其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。
  1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力虐杀原型作弊码、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”(Blacklight)计划展开。
  
1964
1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”(HOPE)，并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。
  黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。
  将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene(伊丽莎白·格林，即游戏中的紧身衣马尾女)，而她在被发现时已经怀有身孕。 黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。
  当时负责清除行动的是Peter Randall中尉(彼得·兰德尔，即游戏中的独臂将军)，他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂(这就是他独臂的原因)，而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官(似乎和最后的superme hunter有联系)。
  希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。 Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH(意为“贱民”，网上有人认为是Randall,但绝对不是)，并将其从母亲身边带走(此孩子的命运暂且按下不表)。
  Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
1989
时间到了1989年，Raymond McMullen博士(雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男)创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。
  并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker(卡伦·帕克，即游戏中的金发OL)。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。
  走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。 Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。
  在游戏的某关，也可以听到将军的话:“不!已经不能用\'他\'来称呼!应该是\'它\'!”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话:“啊。。。你已经不是人类了，你是“黑色守望者”的病毒而已。” 至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词\"I am your mother\"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她 游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了:人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。
  而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西:保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭(游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉)，不在重踏希望镇的悲剧。这些，不得不佩服剧情的编辑者!。