泛北部湾无疑是世界港口富集区，区域内东盟国家共有各类港口100多个，其中印尼40多个，马来西亚33个，越南43个，菲律宾24个，以北部湾和南海连成的海域为中心呈马蹄型分布，其中越南的胡志明港、海防港、锦普港，马来西亚的巴生港、民都鲁港、柔佛港、槟城港，印尼的丹戎普瑞克港，菲律宾的马尼拉港、新加坡港等，都是年吞吐量超过千万吨的大港，新加坡港更是世界四大港口之一。
泛北部湾中国区域港口涉及广西、广东、海南以及香港等地，包括广西的防城港、钦州港、北海港北部湾创业项目；广东的广州港、深圳港、珠海港、湛江港；海南的海口港、洋浦港、八所港等；香港是区域内最重要的港口，跻身世界前三名。
如此众多的海港，加上大量内河港，作为泛北部湾地区经济通道的重要节点、产业基地和产品配送中心，对亚太经济发展起着极其重要的支撑作用。但同时，数量繁多的港口之间，存在着多层面的竞争，为争当所在地区的航运中心或经济枢纽，这种竞争甚至呈现白热化状态。
竞争的最低层面为局部范围的港口之争。最突出的莫过于多年来广西北部湾防城港、钦州港和北海港。由于共同具备“背靠大西南、面向东南亚”的地域特点，为争夺货源一直明争暗斗。铁矿石一直是北部湾港口的大宗货源，防城港以30元／吨的价格承接业务时，其他两港甚至以这一价格的一半与货主签订合作，抢揽货源。这种竞争直接影响到港口的基础设施建设和功能定位，从而波及沿海产业布局。为争集装箱，上马集装箱码头，为了不让散货流失，兴建散货码头，各个港口变成典型的“小而全”，这种功能混杂的港口设施虽然缺乏专业服务性，却成为各地对外招商的“优势”，使得产业布局混乱，不能按照地方特色和资源禀赋发展。
竞争同样也存在于省际之间。广西三港内部恶斗，同时三港与毗邻的湛江港也存在角逐，由于货源地雷同，服务对象一样，广西北部湾港口与湛江港的公开竞争从来没有停止过。防城港工作人员说，每年在西南各地联系货源，广西广东的人常常碰到一块，互相间“躲躲闪闪”。广西“三港合一”的消息传出时，在湛江港一些人员眼里，成了一种“联手”对付湛江港的对策。
更高层次的竞争出现在国家之间。由于泛北部湾地区港口距离不远，相邻国家的港口往往就成为竞争对手。面对新加坡港口的繁荣，隔海的马来西亚就大兴土木建设巴生港，希望将到新加坡港卸货的马来西亚货轮拉回本国港口。
这种竞争，在一定阶段，无疑对促进港口发展起到了巨大的作用，包括基础设施建设完善、管理水平提高、服务能力增强，但到了一定程度后，其负面效益越来越突出。特别是在全球一体化的背景下，世界变得扁平，产业格局、供应链的架构重组，对港口通过能力以及港口对资源的配置能力提出了更高要求，专业化的港口服务成为全球航运越来越强的需要，那种以我为主，各自为政的港口发展显然与之不相适应，已成为对经济发展的阻碍。马来西亚的巴生港作为东盟国家第二大港，与新加坡港的角逐更加激烈。
——多种因素制约泛北部湾港口合作
专家认为，泛北部湾港口可划分为北部湾港口群、马六甲海峡港口群、菲律宾沿岸港口群。三个港口群目前主要功能各不相同：广西北部湾港、广东湛江港、海南的港口和越南海防港、砚港、胡志明港等呈“S”型分布的北部湾港口群，以大宗散货吞吐为主，集装箱比例逐年上升；新加坡港和马来西亚、印尼的部分港口呈带状分布，形成马六甲海峡港口，是传统的集装箱大港聚集区域，以集装箱运输为主；菲律宾沿岸港口群基本呈带状分布，与马六甲海峡港口群呈平行分布，港阔水深，但内陆交通系统不够完善。
与世界其他大洋海岸的港口“步调一致”相比，泛北部湾港口的整合远为复杂。其中最重要的原因就是经济发展起步相对较晚，使得港口资源作为国家经济重要支柱的基础优势未能得到充分发挥，除了新加坡、香港等少数港口，到目前大部分仍然属于中小型的港口。
在东盟10国中，经济发展不平衡的状况十分突出，既有发达的新加坡、马来西亚、文莱和相对较好的泰国、菲律宾、印尼，还有正在崛起中的越南，而缅甸、柬埔寨、老挝则明显滞后。经验表明，处于经济不平衡状态的地区，先行者为了保持优势，后来者为了迎头赶上，使得竞争往往大于合作，在港口建设上着眼于“求全”而不是“求专”，参与合作分工往往让位于短期竞争的需要，几成必然。
除了经济不平衡，泛北部湾地区的港口合作，还受到其他因素的影响。一是历史上国与国之间存在的领土、领海争端；二是民族、文化、宗教的冲突；三是作为资源富集地，外部政治、军事势力的介入，这些因素在不断变动的国际政治格局中，容易造成局部不稳定；四是一些国家内部政治矛盾激化，影响对外合作。
东盟各国在政策和法律的制订和具体实施管理中，存在较大差异。而对于提供货物集散服务的港口而言，流畅的物流链，恰恰在信息、技术标准及海事、保险、司法等服务上要求相互紧密衔接。一些专家预测，世界经济持续增长，海事贸易在2020年的规模将是现在的三倍。技术的发展、贸易的模式、战略、航运议程、路线，对于港口而言都是巨大的挑战。调整港口结构，进行合理定位，实现功能互补和协调发展，促进港口大型化、专业化、现代化，成为泛北部湾港口的共同要求。
——以新模式推动“港口一体化”
随着竞争加剧，泛北部湾区域各港口正在寻求制订共同的“游戏规则”，同时，大型船舶增加，港口信息化服务发展，为港口合作也提供了条件。降低物流成本，提高产品竞争力，促进区域内贸易发展，成为各港口的共同要求。
泛北部湾港口群目前具有良好的合作基础。首先是政治秩序比较稳定，“和平与发展”成为主流意识形态，泛北部湾各方高层交往频繁，政治互信进一步增强，中国－东盟关系不断发展，经济联系日益紧密，在应对公共安全、维护地区稳定和促进区域合作等方面达成了广泛共识，合作领域日趋广泛，合作机制日臻完善。
区域内经济快速发展，成为推动合作的动力之源。随着中国－东盟自由贸易区建设的推进，中国与东盟双边贸易快速增长，2006年达1608亿美元，预计将提前于2008年实现2000亿美元目标。区域内各方合作愿望增强，在连续四届中国－东盟博览会上，企业界人士普遍希望彼此市场更加开放，实现产业的对接。
区域内的局部地区已经看到了合作的趋势。广西今年将沿海三港组建国际港务集团，对港口实行统一规划，统一建设，统一经营管理。广西港口加强与深圳盐田港的合作，加强与包括越南海防港在内的信息交流。一些港口通过互相参与基础设施建设，成为双边协调机构，加强了港口相关业务的合作。
专家认为，欧盟、北美两大自由贸易区以及西北欧的丹麦－瑞典，都为跨国的港口合作提供了经验。政府主导是实现区域内资源共享的基本保障，市场运作是港口发展的基本模式；加强宏观调控是促进港口持续协调发展的重要条件。实现港口一体化，有利于减少资源浪费，避免重复建设，防止恶性竞争，提高区域整体效益。
专家认为，泛北部湾港口群合作的重点领域应放在五个方面：一是港口基础设施建设，二是港口物流与海运安全，三是临港产业开发，四是与海运相关的海洋环境保护，五是港口与海运安全。
对于政府主导，应成立区域性的港口协调机构，如泛北部湾港口群合作委员会，制订区域内港口发展总体规划，拟定具体合作政策，规划合作项目，统筹各方利益，各国政府对于港口公共基础在资金和政策上给予支持，鼓励企业资产经营联合，推进区域内港口多形式多渠道合作。特别是推进检验检疫、海关、海事、边防之间的相互联合、协作，逐步制订区域内统一的标准，简化区域内货物流动手续，提高效率。
在寻求泛北部湾港口合作中，探索新模式尤其重要，如自由港、国民待遇、统一关税等制度。各国可以在重要港口划出一定范围，实行自由港政策；可以参照欧盟方式，在相互投资和人员就业方面给予国民待遇；还可以在业务合作中，采取一次进关，一次出关，不重复办理报关手续；此外还可以建立关税联盟，相互结算，避免双重征税，减轻企业负担
