第2部游戏开始时使命召唤6剧情，玩家控制的是隶属于美国第75游骑兵团的约瑟夫・艾伦（Joseph Allen），在阿富汗执行行动。后由于其表现优秀，被希普德将军招募加入了141特战队，并指定为美国中央情报局潜伏在马卡洛夫极端组织的卧底。不久，艾伦在马卡洛夫的组织下到扎卡耶夫国际机场实行恐怖袭击，向平民扫射。但随后艾伦的身份暴露，在从机场撤退时被马卡洛夫杀死。马卡洛夫以此为“讯息”（Message），将责任推到美国身上。果然俄罗斯方面在机场事件调查之后认为这起恐怖袭击与美国有关。之后俄罗斯利用ACS模组（见141特战队剧情段落）瘫痪了美军卫星网络，使其无法正常识别，并且海陆空三管其下，发动对美国的战争。

此时，玩家开始控制第75游骑兵团的二等兵詹姆斯・拉米雷斯（James Ramirez），跟随福利中士的领导，在华盛顿附近抵抗俄罗斯精锐部队。战斗中，美军发现一枚洲际弹道导弹正向美国东海岸靠近，美军司令部决定作出在华盛顿在导弹袭击而失守后的最坏打算，与此同时，拉米雷斯所在小队遭到伏击，陷入危机。视角转向太空，玩家控制一名在空间站执行任务的宇航员，在太空中“观看”了一枚洲际弹道导弹高大气层爆炸的情景（见141特战队剧情段落），随后空间站被洲际弹道导弹爆炸产生的冲击波击毁，宇航员也不幸阵亡。而导弹爆炸后产生的强电磁脉冲（EMP）让美国东部地区所有电子仪器（包括俄军的）全部瘫痪。拉米雷斯所在的部队戏剧性地得救（此时由于EMP袭击，激光瞄准器等电子产品无法使用）。虽然导弹并没有直接袭击华盛顿城区，但美军司令部真的以为华盛顿已经失守，准备对华盛顿发动毁灭性空袭，拉米雷斯的部队得知这一消息后，趁俄军载具瘫痪之际重夺美国白宫，发射了信号弹，使美国空军终止了空袭任务。到此美军剧情就结束了。

141特战队剧情

在141特战队剧情中，玩家可以控制加里・“小强”・桑德森中士，或是约翰・“肥皂”・麦克塔维什上尉。

141特战队的剧情开始于哈萨克斯坦的天山，玩家控制的人物是加里・“小强”・桑德森中士（以下简称小强）和“肥皂”队长，前往位于天山山脉的一座俄军机场，回收遗失的人造卫星ACS模组（ACS是攻击识别系统），以防止机密落入敌手。然而俄罗斯还是赶在141特战队之前，破解了该模组，并在机场事件后利用模组中的相关资料瘫痪了美国卫星，向美国发动战争。

141特战队判断，战争的主谋是马卡洛夫，于是开始调查马卡洛夫的踪迹。随后，他们发现巴西存在一个可能与马卡洛夫有关的军火商，于是前往里约热内卢，但没有得到任何有价值的情报。在一场人质解救行动任务之后，谢菲尔德将军要“肥皂”等人去俄罗斯“古拉得”监狱解救一名罪犯，称马卡洛夫十分讨厌这名罪犯。在激战之后，特战队惊讶地发现罪犯就是《使命召唤4：现代战争》的普莱斯上尉，而他已经被关在监狱数年之久。“肥皂”归还了普莱斯的枪（前作中杀死扎卡耶夫的手枪）。

成功解救普莱斯后，谢菲尔德将军要求141特战队继续追查马卡洛夫的下落，但普莱斯要求利用极端手段先解决美国和俄罗斯的战争，中断了与谢菲尔德将军的联系，并率领141特战队劫持了一艘俄罗斯的核潜艇，并向美国华盛顿高大气层发射了一枚洲际弹道导弹。导弹爆炸之后，俄罗斯军队由于EMP袭击而瘫痪，美军的局势终于得到逆转。

随后，在将军的建议下，141特战队分成两队执行任务。一队由“肥皂”和普莱斯组成进军阿富汗，而二队则由“幽灵”和“小强”联手调查马卡洛夫一座别墅。“小强”一行虽然没能发现马卡洛夫，但截获了非常重要的情报，不过就在撤离之时，“幽灵”和“小强”被前来接应的谢菲尔德将军杀害，情报则落入了将军之手。此后镜头转到“肥皂”的部队，普莱斯和“肥皂”等人在阿富汗的某废旧飞机回收中心遭到了谢菲尔德将军袭击，但幸运的是，此时马卡洛夫的部队也在和谢菲尔德将军的部队交火，他们利用这一混乱的局势，在尼古莱（Nikolai）的接应下成功撤退。

普莱斯和“肥皂”渐渐明白了谢菲尔德将军就是战争的幕后黑手。正是他将艾伦作为卧底安插到敌后，并藉由放出艾伦身份的资料，造成艾伦的死，引发了美俄大战。而与此同时，普莱斯和“肥皂”被谢菲尔德将军列为了全球通缉犯，为了为“幽灵”和“小强”报仇，手刃幕后黑手，孤立无援的他们联系了原来的敌人马卡洛夫，虽然马卡洛夫因为当年杀死扎卡耶夫的仇恨，并未直接班师相助，但仍将谢菲尔德将军所在的一个阿富汗秘密基地的坐标透露给了普莱斯和“肥皂”。抱着“有去无回”的决心，普莱斯和“肥皂”潜入了这个秘密基地。在一系列激战之后，谢菲尔德将军被身受重伤的“肥皂”飞刀插入头部致死。随后尼古拉坐了“小鸟”直升机来接应普莱斯和“肥皂”，并表示要带他们到个“好地方”，141特战队的剧情到此结束。

Lz你玩完4！6！8，剧情自然就懂了