百度 LinearFold;面对新冠状病毒,全球的超级计算机能够模拟出来病毒变化不?

可以百度 LinearFold,事实上现在用不到超级计算机的算力就可以模拟出病毒的变化。

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2020年1月7日百度 LinearFold,国内已经测出了病毒基因的全序列,并且在1月10日向世界卫生组织分享了病毒的全序列基因图谱。

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新冠状病毒是RNA病毒,在弄清楚基因序列的情况下,还需要弄清楚,RNA空间机构排列顺序,以便于弄清楚RNA可以合成的蛋白质百度 LinearFold。

冠状病毒有3万多个碱基,相比于艾滋病1万多个碱基,埃博拉病毒2万个碱基,冠状病毒的RNA长度更长。并且学过生物学的都知道,RNA作为单链非常不稳定,极其容易变异。

新冠状病毒与SARS病毒基因图谱片段对比

因此在掌握了病毒基因序列后,还需要弄清楚病毒的三位空间结构,以及当前变异状态下的全系图谱。

根据国家卫健委公布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行)》,冠状病毒为不分节段的单股正链 RNA 病毒,属于巢病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)正冠状病毒亚科(0rthocoronavirinae),根据血清型和基因组特点冠状病毒亚科被分为 a、β、v 和 δ 四个属。已知感染人的冠状病毒有 6 种,包括 a 属的 229B 和 NL63,β 属的 0C43 和 HKU1、中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERSr-CoV)和严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARSr-CoV)。此次从武汉市不明原因肺炎患者下呼吸道分离出的冠状病毒为一种属于 β 属的新型冠状病毒。

百度在1月30日,发布公告免费开放线性时间算法 LinearFold以及世界上现有最快的 RNA 结构预测网站,以提升新型冠状病毒 RNA 空间结构预测速度。

由于本身RNA的变异,并不单单是基因变异,还有空间结构的变化。因此,做到快速核酸检测,以及快速的基因,以及空间结构检测,才能够知道是否变异。

说白了,如果能够每一个患者的病毒核酸都进行空间结构检测,当然是最好的,但是这个显然是无法完成的,一方面,能够有效分理出病毒,另一方面需要消耗大量的计算资源。

国内阿里云已经免费开放算力为抗击疫情服务。此外天河超级计算机,也免费开放算力在高通量的虚拟药物筛选、生物大分子动力学模拟、全基因组测序分析以及生物大分子三维冷冻电镜数据处理等方面为研究机构提供药物研发,疫苗研发。

总结:尽管超级计算机的算力非常强悍,但是病毒的变异,本身伴随多种不确定性。目前,超级计算机的算力当务之急,还是寻找病毒基因靶点,并且验证各类药物的有效性,以及疫苗的快速研发。

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发布日期:2021年04月04日  所属分类:网络推广